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平畢生學説，專以尊經、尊孔爲主， 舊排印有《尊孔篇》。 兼采泰西科學之理而溝通之。其論孔學大要，在經、史之分，語、文之别。古史不傳，今所誦習六書文字之書，統出孔後，全屬經説。
經爲孔子所立空言，垂法萬世。故凡往古之舊史，草昧侏 ，不可爲訓。若欲存之，則如《黑蠻風土記》、《赤雅僮傜志》、《四裔列傳》。故孔作新經，盡祛已往之陳迹，《論語》所謂「成事不説，遂事不諫，既往不咎」。 康氏《孔子改制考·上古茫昧無稽考》頗詳此事。 古史之説，《列》、《莊》攻之於前，西儒攻之於後。龔定菴猶以六經爲古史，真屬盲人臨深，學人猶推崇其説，過矣！
至聖生知前知，《知聖篇》已述大畧。 前篇刊於廿年前，續篇刊於十年前，然大致不差也。 每怪兩部《皇清經解》，號稱絶作，試將孔子取銷，謂世間並無其人，其書仍可自立，故 注 力張微言大義。近且主孔子正名作字，凡孔子以前之書，古皆稱史，同屬駢音字母，《論語》所謂「闕文」，《莊子》所謂「舊法世傳之史」，《史記》所謂「百家語」、「百家言」、「百家雜語」、「諸侯並作語」。孔子因翻經，乃作圖畫之字，《論語》所謂「正名」、「雅言」，《史記》所謂「孔氏古文」、「《詩》《書》古文」。大抵當時並行，舊史爲古書，如今外國文；新經爲孔字，如今華文。當孔經初出，文字與衆不同，故《論語》曰：「《詩》、《書》、執禮，皆雅言。」《莊子》曰：「《詩》、《書》、《禮》、《樂》，鄒魯之士、薦紳先生能言之。」《史記》云：「百家言黄帝，其文不雅訓， 紳先生難言之。」是秦漢之間，常 注 二派並行。自武帝罷黜百家以後，駢音之文乃絶迹於中土。故凡今日所傳古書，無論署何名氏，皆出孔後，全爲經之傳記，孔子以前，不必再言古史、古人、古事。 另有專書發明其事。
史 注 所謂「百家語」，即「諸侯並作語」之變文，猶百國寶書，皆駢音古史。東漢以後，乃以子書爲百家。考秦并無焚子書之事。 莊子、董子皆同。 董子罷黜百家，自與秦焚百家語事同一律，至於黜縱横，别爲一事，牽連及之，非百家即指蘇、張。自武帝後而駢音之書絶，揚子雲乃以古文翻方言耳。
《論語》爲記孔子微言，至爲深邃。唐宋以下，乃專以平庸求之，至聖之事，人人能知能行，其弊已不堪言，至以人皆可爲孔子，何其與子貢、宰我相差太甚！大抵皆八股害之，如西人所翻《講章味根録》等書，直三家村學究耳。外人未嘗不欲得孔學之真，翻譯此等書，則所謂「身後是非誰管得，滿村聽説蔡中郎」者。中國研經之書，去孔已萬里，何論講章。孔學真理，中人且無人能知，何論海外。乃舉《講章》與《新約》校異同，爲研究孔學，過矣！
中外攻孔、疑經、廢經之説多矣。持之有故，言之成理，皆爲去僞存真而作，如《列》、《莊》「芻狗」、「糟粕」之説，所以祛馬、鄭、程、朱「經爲古史」之説，孔則作而非述、經而非史。「《詩》《書》發冢」 注 ，爲莽、歆輩言之。大抵後世僞儒依附六經諸弊，古人皆已知其流誤，預爲防範。至於西人所疑，則皆後儒之誤説。《史記》以《莊子》詬訿仲尼之徒，非指孔子。《孟子》云「仲尼之徒，無道桓、文之事者」，亦謂儒家。如荀、楊非謂仲尼，自不言二伯，以與《春秋》相反也。
《論語》如《詩》、《易》，别有微言大義，非常可駭。他書引用其語，則爲常言，亦如筮詞與斷章取義之詩句耳，《詩》、《易》之本旨不在是也。《易》、《詩》七十子有不能知者，今必使童子一見能解，故使人弁髦視之。凡童蒙所讀之書，不可以《論語》與《爾雅》、《少儀》、《内則》同列 注 。 凡童蒙課本，不可直引《論語》本書，見於他書者引之可也，非此不足以尊經。
哲學名詞，發表於東瀛。説者以哲理與事實爲反比例，則古稱孔子空言垂教，垂法萬世者，正哲學之定名矣。六經立言非述舊，空文非古史，則以哲理説六經所依託之帝王周公，皆化爲雲煙，與子虚烏有成一例矣。孟子以孔子爲生民未有。東漢以後，乃專以述求孔，不知孔子與帝王周公，物莫能兩大，必不得已而去其一。去帝王周公乎？亦去孔子乎？又必無去孔之一説。且兩害相形取其輕，獨尊孔子爲至聖，隆匹夫以天子禮樂，且尊爲大祀，與天地配。帝王周公則其祀典不顯，士有終身未能一拜者，此中國陳事也。且即《古制佚存》考之， 嘗 注 輯《春秋》以前蠻野事迹與經不合者，編爲此書。 則《春秋》以前，吾國尚在草昧狉榛，若實傳堯、舜、禹、湯、文、武、周公之事實，則直與《墨子》、四夷歷史、藩屬列傳，同爲蠻野記載，無禮教、無倫常，則亦酋長土司之記録耳。且其文皆字母駢音，其書漢初尚有流傳，太史公嘗讀之。《五帝贊》云：「百家言黄帝，其文不雅馴，薦紳先生難言之。」而以孔子與宰我所傳之古文爲近是。《三代世表》以《尚書》無歲月，舊史之歲月甚詳，與古文咸乖異。太史公曾親讀孔前之舊史、百家語，秦皇焚之於前，漢武禁之於後，孔教乃大一統。中國爲孔經之天下，且世艷稱之，二帝、三王、周公者，皆在孔子經中。尊一孔子，堯、舜、禹、湯、文、武、周公得以全尊，就經言經，不必問古史可也。此尊孔而帝王與之俱尊，一舉而兩全之法。若欲實求真堯舜、真古史，宰我不云乎：「仲尼賢於堯舜遠矣！」經中之堯舜，爲孔子之化身 注 ，以校古草昧之真堯舜實遠過之，則有新經，不言古史可也。以孔經論，空言垂教，全爲哲理；以人天分判之，則人爲行事，天又爲哲理，故定爲學行在先，知思在後。 行事必先研究，然「知」即包於「行」字之内，不能别立一門，如後儒内聖、抱道在躬之誤説。
孔經人學爲事實，天學爲思想。舊説《詩》言志，今《詩》無「志」字，大抵以「思」代「志」，「思」即「志」。《詩》中「思」字數十百見，即以「思」爲「詩」。「思無邪」即「《詩》無邪」。《詩》爲天學，當在人學之後。《輶軒語》引吕氏説，以《論語》屢言《詩》學，謂經學當從《詩》入手，此爲大誤。《詩》爲高遠之學，「思無邪」，與賜商始可與言《詩》三事論之，明矣。天學高明，不能實行，則其學必無人服習。《易》猶藉卜筮以存，故於《詩》定斷章取義、歌賦誦習之法，以此存經。必待數千萬年後，人學已盡，推之六合以外，《詩》乃可以實行。故「小子何莫學夫《詩》」，可以「興觀群怨」，「事父事君」，與「多識鳥獸 注 草木之名」，皆爲存經之法。亦如佛經之言語文字，其迹象也，微言大義，别有深識，其曰「可」者，僅可之詞。其與伯魚言《禮》立《詩》言，《禮》立爲人道，《詩》言爲天道，故《詩》之言「思」，思想哲理。欲學《易》，必先學《詩》；欲學《詩》，必先學《書》；欲學《書》，必先學《春秋》。由遠自邇，升高自卑，所謂格物致知，不可躐等爲之。《論語》言《詩》，深者極深，淺者至淺。自來説《詩》者皆有句無章，有章無篇，有一篇與前後數篇、數十篇不相貫通。至於全經，亦如《春秋》之屬辭比事，十二公首尾一貫者，更屬思想所絶。此新撰《詩學提要》，讀三百篇，如一手所作，屬詞比事，亦如《春秋》，爲説《詩》之新法也。
孔經舊史文字異同表 注 舊説以經爲史 注 ，特以三事立表，以明經、史之分。
注
史有經削表 此如《春秋》削例，舊史本有，經則削之。
注
經有史無表 此如《春秋》筆例，修《春秋》，筆則筆，史所無者，經可筆之。
注
注
注
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案：《莊子·天下篇》：「其明而在數度者， 上言本數末度。 舊法世傳之史， 凡稱史，皆爲駢音之成迹。 尚多有之。 東漢以後乃絶，《論語》「今亡矣乎」。 其在《詩》、《書》、《禮》、《樂》， 孔氏翻經、雅言，皆用六書。文字爲孔子正名之學。 鄒、魯之士、 皆屬弟子，則子政《戰國策叙》孔作六經，惟弟子能信其學。 紳先生能明之。 《史記》：「百家言黄帝，其文（駢音）不雅馴，（全屬方言，不似古文雅正）。薦紳先生難言之。」正與此針對，薦紳先生重孔氏古書，不傳百家字書、方言書。 《詩》以道志，《書》以道事，《禮》以道行，《樂》以道和，《易》以道陰陽，《春秋》以道名分。 六經統諸子，皆屬古文。 其數散於天下， 全球。 而設於中國者， 小統。 百家之學， 與古文學不同。 時或稱而道之。 即上「其明而在數度者」三句之義，百家即「舊法世傳之史」，非諸子。 天下大亂， 諸侯紛争。 聖賢不明，道德不一，天下 「下」當作「士」。 多得一察，焉以自好。譬如耳、目、鼻、口皆有所明，不能相通， 以上説諸子之學。 猶百家、 方言囿於地域，不能如同文之效。 衆技 手工技藝也。 也，皆有所長，時有所用。 諸子百家。 雖然，不該不備， 六經則六通四闢，小大精粗，其運無乎不在。 一曲之士也。 以上諸子。 判天地之美，析萬物之理，察古人之全，寡能 二字疑衍。 備於天地之美，稱神明之容。 孔子六經。 是故内聖 六合以内，至人之學。 外王 六合以外，皇之至人、真人。 之道，闇而不明，鬱而不發， 時未至，空有此説，不能實行，以戰國兵争强奪，亦如今日也。 天下之人， 即百家諸侯。 各爲其所欲焉， 《秦本紀》所謂「私學」。 以自爲方。 「方」即「方言」之「方」。 悲夫！百家 秦始同文之制與此同，舉經以統諸子，與同文以統方言同。 往而不反， 方言鄉談，各囿於地。 必不合矣。 字不能有同文之盛，道不能有統一之法。 後世之學者， 指百家言。 不幸不見天地之純，古人之大體， 孔經。 道術 六經。 將爲天下裂。」 「諸侯並作」語，家異俗，國異政，如《説文序》所言三言百家，皆指方言，不指子書。
注 「故」前原衍「近」字，據原校删。
注 常：原作「當」，據原校改。
注 史：原作「古」，據原校改。
注 詩書發冢：《莊子·外物》篇作「詩禮發冢」。
注 列：原作「例」，據原校改。
注 嘗：原作「常」，據文意改。
注 化身：原作「後身」，據原校改。
注 鳥獸：原作「禽獸」，據《論語·陽貨》改。
注 文字：原脱，據原校補。
注 史：原作「古」，據文意改。
注 「之」下原衍「字」，據原校删。
注 多：原作「後」，據《史記·五帝本紀》改。
注 明：原無，據《史記·五帝本紀》補。
注 云云：原脱，據原校補。
注 五：原作「吾」，據原校改。
注 夷：原脱，據《史記·伯夷列傳》補。